Enkele jaren na de bouw van de kerk in 1931 is het eerste pijporgel in de Wilhelminakerk geplaatst. Dit orgel werd gebouwd door Willem van Leeuwen uit Leiderdorp. Het was een balustrade-orgel met een zwelkast en het had een pneumatische tractuur. Het orgel telde 13 stemmen, 5 koppelingen, 5 vast klankkeuzes en een tremulant. Aangezien dit orgel aan vervanging toe was, werd besloten tot de bouw van het huidige orgel.

De bouwer van het huidige orgel is Pieter Huijser. Het orgel is opgebouwd uit een hoofdwerk, rugwerk en pedaal. Het hoofdwerk bevat 10 registers. In de kast waarin het pijpwerk van het hoofdwerk is geplaatst, zijn ook de pijpen van het pedaal opgenomen. Het pedaal bestaat uit 4 registers, het rugwerk uit 8 registers en een tremulant. Verder heeft het orgel drie koppelingen. Het heeft een mechanische toets- en registertractuur.

De beide orgelkasten zijn gemaakt van massief Sipo Mahonie. Elk werk heeft een eigen windlade. Omdat elk werk een eigen winddruk heeft, heeft elk werk ook een eigen balg met regulateur. De gebruikte houtsoorten zijn eiken voor het gehele binnenwerk en voor de mechanieken overwegend ceder. Het pijpwerk is geleverd door fa. Stinkens uit Zeist. De stijlverbindingen van de massief mahonie orgelkassen zijn pen en gat. Verder zijn de halfronde vlakken van het eveneens massieve sierwerk gemaakt van op elkaar gelijmde halve ringen.

Ten aanzien van de klavieren kan vermeld worden dat deze zijn belegd met elpenbeen, de boventoetsen met ebbehout. Het klankbeeld is omlijnd door vocale prestanten. De fluiten -met een hoog loodgehalte- hebben een eigen identiteit en het pijpwerk (in totaal 1332 pijpen) is in de ondiepe kassen compact opgesteld. Het orgel telt 22 stemmen en is op 16 november 1988 in gebruik genomen in een dienst, waarin de meditatie werd verzorgd door ds. B.J. van Vreeswijk en het orgel werd bespeeld door de adviseur Jan van Westenbrugge.